ようやくデータベースが壊れた原因がわかった。当方の勘違いとも言えるし、このソフト作成者の配慮のなさとも言えるのだが（でも無料で使用させて頂いているので文句は言えない）、単にカテゴリ毎のアーカイブを既存のファイルに上書きするという設定上のミスをやっていたためだった。
しかし、それに気付いたのは、別の場所でMovableTypeを用いたblogの運営をはじめたからで、そうでなければ気付くことはなかったと思われた。自前であるソフトウェアを運用するメリットはもちろんそれなりにあるのだが、純粋に文章だけ書きたい方はやはり既存のプロバイダなりYahoo! などの運営会社なりのblogを使用するとよいだろう。